לשם ביצוע השלמת ההכנה הביתית המועטה (הכוללת נטילת 3 גלולות לקסטיב ערב יום הבדיקה) מוכנס שרוול עדין מיוחד לתוך המעי, המכניס ומוציא במקביל מים חמימים ששוטפים את המעי.  התהליך נמשך כ 20 – 30 דקות עד שרמת הנקיון משביעת רצון.

עם השלמת תהליך הניקוי עובר הנבדק למכון לביצוע קולונוסקופיה, שם מוכנס קולונוסקופ סטנדרטי שמבצע את בדיקת הקולונוסקופיה הרגילה, מזהה נגעים (פוליפים, דלקות וכו') ומבצע פרוצדורות
(כריתת פוליפים, לקיחת ביופסיות).